Podpis kwalifikowany to podpis elektroniczny, który ma moc prawną podpisu własnoręcznego. Jest on poświadczany kwalifikowanym certyfikatem, czyli świadectwem umożliwiającym weryfikację osoby składającej podpis elektroniczny. Podpis elektroniczny weryfikowany za pomocą kwalifikowanego certyfikatu ma moc prawną podpisu własnoręcznego. W przeciwieństwie do podpisu weryfikowanego certyfikatem niekwalifikowanym, nie wymaga dodatkowych ustaleń między stronami podpisywanego dokumentu.
O ile podpis niekwalifikowany jest najczęściej wykorzystywany w wewnętrznym obiegu dokumentów i nie ma żadnych ograniczeń w jego stosowaniu (o ile informacja o tym rodzaju podpisu i jego akceptacji znajduje się w umowie między stronami dokumentu), o tyle w przypadku podpisu kwalifikowanego, a dokładniej jego certyfikatu, jego stosowanie reguluje ustawa o podpisach elektronicznych. Wynika to przede wszystkim z faktu, że moc prawna podpisu kwalifikowanego jest teoretycznie większa, gdyż może on być używany przed różnego rodzaju organami. Zatem, aby go używać, wymagane jest posiadanie bezpiecznych aplikacji również spełniających wymogi ustawy, które będą przechowywać certyfikat kwalifikowany.