Podpis kwalifikowany, czyli de facto certyfikat kwalifikowany służący do poświadczania podpisu elektronicznego, musi być przechowywany na urządzeniu kryptograficznym lub w odpowiedniej aplikacji, która go chroni.
Co do zasady, podpis elektroniczny jest bezpieczniejszą formą podpisywania dokumentów niż jego odręczny odpowiednik. Wynika to z bardzo ograniczonej możliwości jego fałszowania. Podpis wraz z certyfikatem jest przypisany do konkretnej osoby i tylko ona może się nim posługiwać. Ten rodzaj podpisu wymusza również sygnalizację wszelkiego rodzaju zmian w dokumentach, które są nim podpisane.
Zgodnie z Kodeksem Cywilnym, oświadczenie woli złożone drogą elektroniczną przy użyciu podpisu kwalifikowanego jest równoważne z oświadczeniem woli złożonym w formie pisemnej.